粪便的气味是因细菌作用的产物如吲哚、粪臭素、硫醇、硫化氢等引起的。粪便特殊气味的检查，可以帮助初步诊断消化系疾病。

　　臭味。

　　当胰腺疾病，肠道吸收不良，消化道大出血，结肠（直肠）癌溃烂时，粪便有腐败亚臭味。阿米巴肠炎粪便有鱼腥臭味。当脂肪及糖类消化或吸收不良时，粪便由于脂肪酸分解及糖的发酵而产生酸臭味。